Z díla Jana Patočky dnes filosofové (Miroslav Petříček jr.) připomínají zejména jeho práce fenomenologické, kterými vstoupil do rozhovoru s renomovanými filosofy 20. století a přinesl do něj svůj osobitý vklad. Na okraji zájmu těch, kteří nám právem významného filosofa připomínají, je neméně významná část Patočkovy badatelské činnosti, kterou zviditelnil r. 1981 Klaus Schaller vydáním sebraných spisů Patočkova bádání o Komenském – Jan Patočka, Jan Amos Komenský, Bochum 1981, s. 95.
Jan Patočka po mnoho let studoval a doceňoval J. A. Komenského jako filosofa. Pro teology je takové zjištění jistě výzvou a závazkem. Byl to J. L. Hromádka, který si v třicátých letech stěžoval, že reformace nevytvořila adekvátní filosofii. V průběhu dalších let od hledání nebo i vytváření takové filosofie upustil a pole působnosti přenechal zejména těm, kteří ovšem nechtěli vytvořit svébytnou reformační filosofii a svůj úkol si definovali šířeji – vydali se hledat specifičnost biblického jazyka a myšlení. V různých zemích Evropy, odlišnými tradicemi formovaní badatelé přinášeli své poznatky – paradoxní způsob vyjadřování (J. B. Souček, Bláznovství kříže); specifičnost židovského myšlení (F. Rosenzweig); specifičnost starozákonní řeči (Biblická abeceda, K. H. Miskotte); prolomení pansakralismu Izraelem (M. Buber); vytvoření spásnědějinného pohledu na skutečnost (G. v Rad); přínos starozákoních proroků (M. Mrázek); struktura starozákonního myšlení v napětí s řeckým (M. Balabán), etika – první filosofie (E. Lévinas).
Z rozhovoru, který byl veden přes mnohé hranice a generace, se vytratil Hromádkou artikulovaný stesk po filosofii, kterou měla vytvořit reformace. Otázka po filosofii se ovšem skrytě i zjevně vynořuje vždy znovu v úvahách o úloze „Athén a Jeruzaléma“ v evropské kultuře. Navíc před námi vyvstává ještě jedna komplikace, kterou pronesl do devadesátých let filosof Erazim Kohák (Člověk, dobro a zlo), v zřejmé návaznosti na Jana Patočku. Reformace nalezla svou specificky filosofickou řeč prostřednictvím J.A. Komenského a jeho vliv je srovnatelný s Descartovým. (Abychom byli úplní – Božena Komárková ukazuje opět z jiné strany, že lidská práva by bez reformačního vkladu nevznikla.) Souborné vydání komeniologických studií Jana Patočky (kolem padesáti článků vzniklých v rozmezí let 1941 až 1971) naznačuje, že Komenský pro Patočku nebyl okrajovou postavou a česká reformace podružnou záležitostí. Závažná potíž spočívá právě v tom, že Patočka, Komárková i Kohák se zabývají problémy, které se dnes nenosí, protože nelegendarizují, nezposvátňují, neuctívají. Nejsou ctiteli člověka, přírody, ani lidských výtvorů.
V úvahách o Labyrintu světa a ráji srdce Jan Patočka připomíná: potřeba nalezení pravdy stala se naléhavější tím, že od reformace počínaje pravda přestala být záležitostí duchovních specialistů a stala se věcí každého jednotlivce, neboť neexistuje již odchod ze světa, aby byl nalezen duchovní život, nýbrž náprava lidské bludnosti se musí odehrávat na samotné půdě světa. (O filosofii J. A. Komenského, in: Jan Patočka, J.A.K., s. 384)
O dvacet šest let dříve – v roce 1954 – Patočka píše: … Komenský proniká pojednou do popředí ideového zápasu celé doby. V ní spolu zápasí a konkurují proudy a ideologie, ideály a programy na zásadní proměnu lidských věcí. Bacon chce člověku navrátit rajskou svobodu a vševládnost pomocí techniky a za tím účelem projektuje novou induktivní vědu. Ratkemu tane na mysli něco podobného jako Komenskému, ale bez určitosti a soustavného propracování. Hlavně též bez onoho zásadního universalismu Komenského. V něm se nyní Komenský dovede vyrovnat s nejmocnějším konkurentem, kterým je protireformační školství, představované hlavně řádem jesuitským.
Od konce 16. věku velká španělská mocenská a kulturní ofensiva učinila svým ideovým základem obnovený aristotelismus. Nebyla to věc malého významu: španělští učenci přitom vytvořili soustavná díla filosofická, jakých neměl středověk, vytvořili aristotelskou metafysiku jako disciplinu schopnou školského tradování, takže dali svým žákům do rukou instrument pojmový, který byl jedinečně propracován a projevil záhy svůj vliv i v zemích protestantských. S tímto instrumentem v podstatě pracovali i učitelé Komenského, hlavně filosofové luterští. A tradiční filosofie byla rovněž obsahem soustavy výchovné, která se obracela hlavně k elitám, ke společenským vrcholkům, které měly jednou ovládat ostatní vrstvy společnosti. Aristoteles v synthese s humanistickými disciplinami, takový byl školský ideál, který ovládal více než polovinu vzdělané Evropy. Tento systém bylo nutno překonati, přemoci ideově: a tím, kdo zde přinesl ideál hlubší, čistší, universálnější, promyšlenější a modernější, byl Komenský. To byl vlastní základ jeho velkolepých úspěchů v jazykovém vyučování – současníci cítili, že v Bráně jazyků, ačkoli se dávala prostě jako praktická příručka k vyučování řeči učenců, běží o mnohem více, než o pouhé učení řeči, cítili hluboký filosofický základ, universální duch, který vanul i tímto produktem – svět pojednou stál a naslouchal.
Naslouchal hlasu českého vyhnance, českého Joba, nejchudšího a nejbohatšího českého člověka, který prázdnýma rukama šel obdarovat celý svět. A který, třesa se bázní před tímto podivuhodnými příkazem, který se stal pojednou jeho údělem, a nedostatečností svých sil, neváhal přece jen přiložit ruku k vypracování těch mohutných projektů, které najednou s vulkanickou silou vypukly ze svých kusánských zárodků. Zde musila být napřed vypracována nová filosofie.
(Cusanus a Komenský, in: Jan Patočka, J.A.K., s. 43)