V devadesátých letech minulého století se u nás usídlily dva druhy velkých hlodavců. Po 250 letech se díky přísné ochraně v sousedních zemích vrátil bobr evropský a nežádoucí nepůvodní nutrie říční. Zatímco přítomnost bobrů na vhodných lokalitách je přínosem pro větší druhovou diverzitu, držet populaci nutrie v naší krajině opodstatnění nemá. Nutrie byla dříve chována na kožešinových farmách pro jejich kvalitní srst i maso. Poté, co kožešinové výrobky vyšly z módy se trh s kůžemi z farmových chovů zhroutil a v mnoha případech nezodpovědní chovatelé vypustili tyto zvířata do volné přírody. Jako býložravec nemá nutrie v naší krajině nouzi o potravu a dospělí jedinci ani přirozeného nepřítele. Nutrie říční pochází z Jižní Ameriky, je tedy přece jen prolomitelnější druh, než jsou podmínky české republiky. Dokud u nás panovaly sněhové a hlavně mrazivé zimy, spousta nutrií u nás zimu nepřežilo a jejich početnost se nezvyšovala. Nyní, kdy už zde dlouhodobé mrazy téměř neznáme, letí početní stavy nutrií v okolí našich vod nahoru velkou rychlostí. Nejenže škodí spásáním pobřežní vegetace nebo přenosem infekčních onemocnění, ale z hlediska ochrany přírody i tím, že z lokality svou početností vytlačují naše původní druhy, včetně bobra evropského. Zároveň je nutrie podobně jako potkan též částečně masožravá a podílí se tedy spolu s ostatními predátory na likvidaci hnízd vodních ptáků, hubení raků a jiných chráněných živočichů. V oblastech s výskytem vlka je nutrie částečně regulována tímto vrcholovým predátorem a mláďata do určité velikosti loví většina našich predátorů a ze strany myslivců je u nás ročně odloveno přes 20 tisíc nutrií. Přesto to na zastavení růstu populace nemá zásadní vliv. Nutrie mají mladé dvakrát ročně v počtu až 10 jedinců, na rozdíl od bobra, kteří se rozmnožují pouze jednou a mají dvě až 4 mláďata. Přestože může bobr na některých místech člověku působit majetkové škody, je potřeba ho brát jako druh, který do české krajiny patří.
Z důvodu možných škod jsou u nás vyčleněné oblasti, kde by bobr tolerován za určitých podmínek nebyl. Hlavní takovou oblastí je rybničnatá oblast jižních Čech, kde by se v případě narušování hrází rybníků muselo přistoupit k jeho regulaci. Zatím tato situace nenastala a bobři zde žijí hlavně v pomalu tekoucích úsecích řek. Na místech, kde činnost bobrů nenarušuje lidskou práci je úžasné sledovat jejich počínání při kterém dochází k částečnému zaplavení okolí a vytváří se tak biotop pro rozmnožení mnoha druhů hmyzu nebo obojživelníků. Jedná se o úctyhodný druh, který se dožívá až 30 let a dospělý bobr váží až 30 kg. Mláďata jsou s rodiči až do dvou let, kdy se od nich učí jejich schopnosti stavění bobřích hradů, hrází nebo okusování dřevin rostoucích v okolí vod. Nejčastěji jsou to druhy s měkkým dřevem, vrby a topoly. Poté jsou mláďata rodiči vypuzena a musejí si hledat nový vhodný biotop, kde by se mohly trvale usadit. U nás na okrese Pelhřimov s největší pravděpodobností k rozmnožení bobrů zatím nedošlo. Je zde několik obsazených lokality s jedním jedincem, který si zde našel jako mládě působiště, ovšem se zatím nedočkal příchodu partnera svého druhu. Na jedné z těchto lokalit sledujeme osamoceného bobra již 10 let. Statistiky o celkové početnosti bobrů v ČR se rozcházejí mezi 10–15 tis. zvířat. V posledních letech se nárůst populace už zastavil z důvodu nelegálního odlovu, konkurenčního chování nutrií a predace vlky v oblastech jejich výskytu.